怎样选择保护柱，但又不影响分离分析？通常，在选择保护柱之前首先要考虑的是样品是否清洁，对于大部分分析工作者来说，一只1cm长的保护柱便能提供充分的保护作用。但是，如果样品非常不清洁，或工作中发现经常要更换1cm的保护柱，那么就应该选用2cm或3cm的保护柱，保护柱越长自然所装填的色谱填料就越多，则其保护性能越好，当然随着保护柱长度的增加，样品的保留时间也相应增加，一般来说，保护柱的内径与分析色谱柱的内径相同或相当即可。
保护柱的填料装填方式也很重要，目前有薄膜装填法的保护柱，使用过程简单方便，而且可以在实验室中进行干装。但是，其最大的缺点是不经济，特别是针对中国的具体情况，一次性使用相对费用较高。另外，薄膜装填法的保护柱所装填的色谱填料有限，只能提供很有限的保护作用；不过也因为所装填的色谱填料较少，保护柱的长度也较短，所以对分析样品的保留时间的影响也很小。
另一种保护柱结构其实质是缩短了色谱分析柱，设计方式上有直连式/手紧式或整体式。整体式设计是由色谱柱的生产厂商直接安装在色谱分析柱上的，必须与色谱分析柱一同订货，可以非常方便的使用，但不能被修改。直连式结构设计可以在任何时候由色谱工作者来安装连接，可以与任何品牌的色谱柱连接使用，而且可以根据不同的样品选择合适的保护柱长度。手紧式保护柱从结构上讲是与直连式保护柱一样，只是在连接时不用借助扳手等工具，直接用手上紧即可。另外从保护柱结构的角度看，保护柱结构又分为是否可以更换保护柱柱芯，现在大多数的保护柱均可以更换柱芯，可以降低保护柱的使用成本。
大多数人是根据色谱分析柱的填料来选择保护柱的填料，正常情况下可以选择与分析色谱柱一样的色谱填料。但是，根据实际的分析工作，也可不必与分析色谱柱的填料完全匹配。
对于选择保护柱的原则是：在满足分离分析要求的前提条件下，尽可能的选择较短的保护柱，尽可能选择对分离样品小一些保留性的填料。