今年共有30个国家和部门重点实验室参加评估。分为现场评估和复评两个阶段进行。委托国家自然科学基金委员会具体组织实施。现场评估工作在3月6日至23日进行，分5组同时进行，共聘请专家50名，行程遍及上海、南京等11个城市。评估专家们通过听取实验室工作报告、代表性成果报告、材料核查、现场考察、讨论、集中评议等程序，初步得出参加复评的排名前30%和后20%的实验室。复评于5月10日至12日在南京进行，现场评估结果排在前10名和后6名的，共16个实验室参加了复评，专家组由24名专家组成，组长为基金委副主任孙家广院士和国防科技大学周兴铭院士。专家组通过听取实验室主任工作报告、质疑、讨论，最后以记名方式给实验室打分。
    评估过程中，专家坚持了“公开、公平、公正”的原则，注重考察实验室的整体情况，突出对实验室代表性成果的评定。国家自然基金委员会对本次评估做了充分的准备，过程组织严密，保证了现场评估的顺利完成。被评实验室利用本次评估的机会，充分展示了实验室近5年来取得的成绩，很好地配合了专家组的工作。
    根据评估规则，复评结束后一个月内，基金委向科技部正式报送实验室的最终评估排序和今年的评估工作报告，科技部审核后将以适当的方式发布评估结果。