实验中所用的玻璃仪器等清洁与否直接影响实验的结果，往往由于仪器的不清洁或被污染而造成较大的实验误差，有时甚至会导致实验的失败。 做生物化学实验对玻璃仪器清洁程度的要求，比一般化学实验的要求更高，这是因为：①生物化学实验中蛋白质、酶、核酸等往往都是以“毫克”和“微克”计的，稍有杂质，影响就很大；②生物化学实验对许多常见的污染杂质十分敏感，如金属离子(钙、镁离子等)、去污剂和有机物残基等，因此玻璃仪器(包括离心管等塑料器皿)是否彻底清洗净是非常重要的。
1. 初用玻璃仪器的清洗
新购买的玻璃仪器表面常附着有游离的碱性物质，可先用0.5％的去污剂洗刷，再用自来水洗净，然后浸泡在1％～2％盐酸溶液中过夜(不可少于4小时)，再用自来水冲洗，最后用无离子水冲洗两次，在100℃～120℃烘箱内烘干备用。
2.使用过的玻璃仪器的清洗
做完实验，应立即把用过的玻璃仪器洗刷干净。这是由于那时污物比较容易清洗，同时由于了解污物的性质，有利于选用适当的洗涤方法。使用过的玻璃仪器的清洗，可先用自来水洗刷至无污物，再用合适的毛刷沾去污剂(粉)洗刷，或浸泡在0.5％的清洗剂中超声清洗(比色皿决不可超声)，然后用自来水彻底洗净去污剂，再用无离子水洗两次。
玻璃仪器洗净的标志是水倾出后，器壁上没有水滴，否则重洗。若重洗后仍挂有水珠，则需用洗液浸泡数小时后(或用去污粉擦洗)，重新清洗。
3.石英和玻璃比色皿的清洗
绝不可用强碱清洗，因为强碱会侵蚀抛光的比色皿。只能用洗液或1％～2％的去污剂浸泡，然后用自来水冲洗，这时使用一支绸布包裹的小棒或棉花球棒刷洗，效果会更好，清洗干净的比色皿内外壁不挂水珠。
4. 塑料器皿的清洗
聚乙烯、聚丙烯等制成的塑料器皿，在生物化学实验中已用的越来越多。第一次使用塑料器皿时，可先用8mol/L 尿素(用浓盐酸调pH = 1)清洗，接着依次用无离子水、1mol/LKOH 和无离子水清洗，然后用1～3 mol/LEDTA 除去金属离子的污染，最后用无离子水彻底清洗，以后每次使用时，可只用0.5％的去污剂清洗，然后用自来水和无离子水洗净即可。
5.玻璃和塑料器皿的干燥
生化实验中用到的玻璃和塑料器皿经常需要干燥，通常都是用烘箱或烘干机在110℃～120℃进行干燥，而不要用丙酮荡洗后再吹干的方法来干燥，因为那样会有残留的有机物覆盖在器皿的内表面，从而干扰生物化学反应。
定量的玻璃仪器不能加热，一般采取控干或依次用少量酒精、乙醚刷洗后用温热的气流吹干。硝酸纤维素的塑料离心管加热时会发生爆炸，所以决不能放在烘箱中干燥，只能用冷风吹干。